Pharmacophore
Farmakofor atau pharmacophore adalah konfigurasi spasial fitur penting yang memugkinkan molekul ligan untuk berinteraksi dengan reseptor target tertentu. Dengan tidak adanya struktur reseptor dikenal, farmakofor dapat diidentifikasi dari suatu sel ligan yang telah diamati untuk berinteraksi dengan reseptor sasaran. Sebuah farmakofor didefinisikan sebagai susuanan 3D fitur yang sangat penting untuk molekul ligan untuk berinteraksi dengan reseptor target dalam situs pengikatan tertentu.
Setelah diidentifikasi, farmakofor dapat berfungsi sebagai model penting untuk screening virtual , terutama dalam kasus dimana struktur 3D dari reseptor tidak diketahui dan teknik docking yang tidak berlaku (Dror, et al, 2010).
Farmakofor merupakan posisi geometrik tiga dimensi dari gugus-gugus yang terdapat di dalam suatu ligan yang membentuk suatu pola yang unik yang dapat dikenali oleh reseptor secara spesifik yang bertanggung-jawab terhadap proses pengikatan ligan dengan suatu reseptor dan aktivasi reseptor tersebut (Thomas, 2007).
Identifikasi Farmakofor
Jenis Ikatan di Farmakofor :
Pendekatan farmakofor telah menjadi salah satu alat utama dalam penemuan obat. Berbagai metode berbasis ligan dan berbasis struktur telah dikembangkan untuk permodelan farmakofor yang lebih baik dan telah berhasil dan diterapkan luas. Fitur pendekatan farmakofor ini diharapkan dapat memperkecil waktu dan biaya dalam penemuan dan perkembangan obat baru. Fitur khas pada farmakofor yaitu : Sentral hidrofobik, cincin aromatik, akseptor atau donor hidrogen, kation dan anion. Titik farmakofer ini bisa saja terletak pada ligand itu sendiri atau bias terletak di reseptor.
STRUKTUR FARMAKOPOR 3D
Mendefinisikan posisi relatif di ruang kelompok pengikat penting.Pengetahuan tentang farmakofor, ataupengaturan3D-fitur padamolekul biologis yang aktif bertanggung jawab atas aktivitas farmakologisnya dapat membantu pencarian dan perancangan obat baru.
Konsep farmakophore banyak digunakan di zaman modern desain obat dan umumnya didefinisikan sebagai 3D mengatur fitur tertentu dan yang bertanggung jawab untuk aktivitas melawan target protein tertentu
Salah satu metode farmakofor yaitu metode ligand-based pharmacophore modeling yaitu dengan cara mengimpit/menggabungkan molekul aktif pada obat dan menggali ikatan kimia yang penting untuik aktivitasnya. Metode structure-based-pharmacophore designi dapat dilakukan dengan cara melihat interaksi antara target atau reseptor dengan makromolekul ligannya Pada metode structure-based pharmacophore design, dalam hal untuk pemodelan farmakofor, tahap selanjutnya yaitu diskrining secara virtual Metode ini bertujuan agar mendapatkan kandidat obat yang aktif sehingga dapat dijadikan dasar dalam pengujian aktivitas yang lebih lanjut. Selanjutnya, setelah itu dapat dilihat melalui aplikasi LigandScout yang akan memberikan hasil berupa basis kompleks antara ligand an makromolekul. Metode structure-based pharmacophore design sendiri dibagi menjadi 2 sub kategori, yaitu berbasis kompleks ligan dan makromolekul serta berbasis makromolekul (tanpa ligan) (Yang, 2011).
DAFTAR PUSTAKA
Dror, Orant, et al. 2010. A Novel Approach Efficient Pharmacophore Based Virtual Screening. Available at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2767445 [ Diakses pada 14 Oktober 2017].
Thomas, E, et al. 2007. Identification anfd Preiiminary StructureActivity Relationship, Journal Of Natural Product , Vol 7 (8): 1278-1282.
Yang., P., Liu H.-C., Chen Y.-D., Yuan H.-L., Sun S.-L., Gao Y.-P., Yang P., Zhang L., Lu T., and Lu S. 2011. Combined Pharmacophore Modeling, Docking, and 3DQSAR Studies of PLK1 Inhibitors, Int. J. Mol. Sci., 12, 8713-8739.
PERTANYAAN
1.Apa fungsi utama farmakofor ?
2.Apa tujuan dari metode Farmakopor?
3.Bagaimana proses pengembangan model farmakopor?
4.Bagaimana cara mendesain suatu obat baru dari suatu senyawa yang sudah di ketahui kegunaanya?
5.Apa yang di maksud dengan HBA dan HBD ?
